La segunda actividad económica, despues de la Agricultura, es el comercio. En la cabezera municipal, el sistema de comercialización es apoyado por establecimientos comerciales privados, diseminados en diferentes localidades del municipio; además se cuenta con mercado y tianguis dominical. Existen tiendas de ropa, misceláneas y de autoservicio, mercerías, papelerías, mueblerías, estaciones de gasolina, de refacciones para automóviles y de otros artículos de uso doméstico así como una tienda del ISSSTE.

Arcelia cuenta con dos mercados, El "Francisco O Arce" y otro que está en desuso localizado en la colonia Héroes Surianos.

Aunque la actividad comercial es más activa en la cabecera municipal, hay también mercados en Almoloya, Ixcatepec, Santo Tomás, etc., pero en pequeña escala.